Der Ausdruck Metaphysik entstammt dem altgriechischem μετά (meta, dt. „nach“) und φύσικα (physika, dt. „Natur“), er bezeichnet also das, was nach der Natur kommt bzw. über der Natur liegt.
Die metaphysischen Schriften der Antike verfolgten, vereinfacht gesprochen, den Versuch eine letzte Begründung für alle Dinge aufzuzeigen, folglich also jenen Punkt, der in sich selbst begründet alle anderen Dinge begründet. Man könnte also kurz gefasst behaupten, dass die Metaphysik sowohl die erste Ursache allen Seins als auch die letzten Fragen behandelt.
Ein prominenter Metaphysiker der Antike dürfte Aristoteles sein, wobei sich metaphysische Fragestellungen auch bei den anderen Philosophen (Vorsokratiker, Platon etc.) finden. In der Schrift „Metaphysik“ erarbeitet Aristoteles unter anderem die vier Ursachen des Seienden. Aristoteles selbst hielt die Metaphysik für die „erste Philosophie“.
Im Mittelalter tritt besonders Thomas von Aquin hervor, der mit Hilfe der Metaphysik versuchte, Gottesbeweise zu führen und die göttliche von der weltlichen Existenz durch Definitionen zu unterscheiden. Nach dem Mittelalter beginnt die Metaphysik zunehmend unter Druck durch andere philosophische Disziplinen zu geraten, z.B. durch den Empirismus, der sich von der Erfahrung der sinnlich wahrnehmbaren Welt abhängig macht und die Vernunft als Erfüllungsgehilfen betrachtet.
Die moderne Metaphysik führt ein Dasein am Rande der Philosophie; nach vielen Angriffen aus anderen Lagern der Philosophie bedeutet die heutige Beschäftigung mit Metaphysik maßgeblich das Quellenstudium und nicht die Entwicklung eines neuen metaphysischen Systems. Eine besondere Ausnahme bildet hier die Ontologie (Lehre vom Sein) von Martin Heidegger, der die Frage danach stellt, von was wir sprechen, wenn wir von einem Sein reden, was es bedeutet, dass etwas ist. Obwohl Heidegger dabei auch metaphysikkritisch verfährt, bedient er sich dennoch teils Konzepten des Aristoteles.